El Departamento de Matemática tal como se conoce hasta hoy, sin considerar los docentes de Estadística, nace con la creación de la Facultad de Ciencias el 20 de febrero de 1989. Hitos importantes de la década de los noventa son: la organización de la VI Jornada de Matemática de la Zona Sur (abril 1991), el IV Congreso de Estadística, Capítulo Sur (agosto 1992) y la creación de la carrera de Ingeniería Estadística cuyo proyecto se inició el año 1998 y el ingreso de sus primeros estudiante el 2001. A su vez se organiza por segunda vez la XVIII Jornada de Matemática de la Zona Sur (abril de 2004).